De Japanse vestigingen bevinden zich in Tokio, Tokai en Osaka. De site in Tokio is het hoofdkantoor van de afdeling Farmaceutische Custom Manufacturing. De Tokai-faciliteit produceert zeer zuivere oligonucleotide en peptiden voor grootschalige productie (tot 12,000 L) met behulp van AJIPHASE®-technologie. De site in Osaka is gehuisvest in Saito Life Science Park in twee gebouwen - een productiecentrum en een onderzoekscentrum. De teams op alle locaties zijn zeer toegewijd en hebben kennis van de ontwikkeling en productie van oligonucleotiden en peptiden.